امريفلوكان لعلاج التهاب المهبل الفطري الناتج عن عدوى داء المبيضات حيث يعمل على القضاء على الفطريات المسببة للعدوى مما يساهم في تخفيف الاعراض المزعجة مثل الحكة والافرازات كما يستخدم في علاج داء المبيضات الجهازي الذي قد يصيب الفم البلعوم المريء والتهابات المسالك البولية مما يعزز الحالة الصحية ويقلل من احتمالات تكرار العدوى.
اضافة الى ذلك يستخدم الدواء في معالجة بعض الحالات الفطرية الخطيرة مثل الالتهاب الرئوي والتهاب السحايا كما يسهم امريفلوكان في الوقاية من العدوى الفطرية لدى المرضى الذين خضعوا لزرع نخاع العظم او يتلقون علاجا كيميائيا او اشعاعيا بسبب السرطان يعمل الدواء على تعزيز المناعة وتقليل خطر الاصابة بالعدوى الفطرية.