يستخدم فلوكورال بشكل رئيسي لعلاج حالات العدوى الفطرية مثل الالتهابات التي تحدث بسبب المبيضات والتي يمكن ان تصيب مناطق متعددة من الجسم مثل الفم، المهبل، الحلق، أو حتى مجرى البول، كما يوصف لعلاج الالتهابات الفطرية الخطيرة خصوصا تلك التي تؤثر على الجهاز التنفسي أو الجهاز الدموي مثل داء المبيضات الجهازي، يستخدم فلوكورال للوقاية من العدوى الفطرية في الحالات التي يعاني فيها المريض من ضعف المناعة مثل المرضى الذين يخضعون للعلاج الكيميائي أو زراعة الأعضاء أو المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية، كما يمكن أن يكون دواء
فلوكورال خيارا علاجيا للمرضى الذين يعانون من التهابات فطرية مزمنة أو متكررة، خاصة اذا لم يستجيبوا للعلاجات الموضعية أو كانت العدوى واسعة الانتشار.