المودوكساسين يستخدم لعلاج التهابات المسالك البولية والمثانة والتهاب البروستاتا البكتيري المزمن خاصة في الحالات التي لا تصلح فيها المضادات الحيوية الأخرى يعمل الدواء على القضاء على البكتيريا المسببة للعدوى بفعالية مما يقلل الألم والحرقان ويساعد على استعادة الصحة بسرعة وتحسين راحة المريض.
يعالج المودوكساسين ايضا مجموعة واسعة من العدوى البكتيرية مثل الالتهاب الرئوي والتهاب القصبات والتهاب الجيوب الأنفية الحاد والعدوى الجلدية بالإضافة إلى التهابات العظام والمفاصل والبطن ويستخدم في حالات حمى التيفوئيد والاسهال البكتيري وداء السيلان والطاعون والكوليرا وكذلك التهابات العين والأذن البكتيرية.