المودوكساسين يستخدم لعلاج التهابات المسالك البولية والتهاب المثانة وحالات التهاب البروستاتا البكتيري المزمن خاصة عندما تكون المضادات الحيوية الأخرى غير مناسبة يعمل الدواء على القضاء على البكتيريا المسببة للعدوى بشكل فعال مما يخفف الأعراض المصاحبة مثل الألم والحرقان ويعزز الشفاء السريع للمريض.
يستعمل المودوكساسين ايضا لعلاج مجموعة واسعة من العدوى البكتيرية مثل الالتهاب الرئوي والتهاب القصبات والجيوب الأنفية الحاد والعدوى الجلدية بالإضافة إلى التهابات العظام والمفاصل والتهابات داخل البطن ويفيد في حالات حمى التيفوئيد والاسهال الناتج عن العدوى وداء السيلان وبعض أنواع الجمرة الخبيثة والطاعون والكوليرا والتهابات العين والأذن البكتيرية.