يتم وصف باكتيفلوكس لعلاج التهابات الجهاز التنفسي مثل التهاب الشعب الهوائية أو التهاب الجيوب الأنفية، كما يستخدم لعلاج التهابات المسالك البولية بما في ذلك التهاب المثانة والتهاب الكلى، يمكن ان يوصف
باكتيفلوكس ايضا للتعامل مع التهابات الجلد، والتهابات الجهاز التناسلي مثل التهاب البروستاتا أو التهابات عنق الرحم، بالاضافة الى التهابات الجهاز الهضمي.