يستخدم كلوروكوين لعلاج أو الوقاية من بعض الأمراض الناجمة عن العدوى الطفيلية أو البكتيرية، يعتبر فعالا بشكل خاص في حالات الملاريا، حيث يستخدم لعلاجها أو منعها، خاصة اذا كانت العدوى ناتجة عن أنواع معينة من الطفيليات الحساسة لهذا الدواء، كما قد يستخدم عقار
كلوروكوين لعلاج أمراض أخرى مثل الالتهابات المزمنة المرتبطة ببعض اضطرابات المناعة الذاتية، كالتهاب المفاصل الروماتويدي والذئبة الحمراء، حيث يساهم في تقليل الالتهاب والسيطرة على الأعراض.