يستخدم دواء كلوروكوين للوقاية من مرض الملاريا وعلاجها، وهو مرض ينقل عن طريق البعوض نتيجة الإصابة بطفيليات معينة تهاجم خلايا الدم الحمراء، يلعب هذا الدواء دورا مهما كإجراء وقائي وفعال في المناطق التي ينتشر فيها مرض الملاريا بشكل واسع، بالاضافة الى ذلك يستعمل
كلوروكوين أحيانا في معالجة حالات طبية أخرى غير مرتبطة بالملاريا مثل بعض أنواع الالتهابات الطفيلية الأخرى.