يستخدم دواء سيفوتريكس لمعالجة العدوى الشديدة الناجمة عن الكائنات الدقيقة الحساسة لمادة السيفترياكسون مثل التهاب الأغشية المحيطة بالدماغ، والتهابات تجويف البطن، والتهابات العظام والمفاصل، والتهابات الجلد والأنسجة الرخوة ذات التعقيدات، والتهابات الجهاز البولي المعقدة، والتهابات الجهاز التنفسي، والتهابات الجهاز التناسلي، علاج المرحلتين الثانية والثالثة من داء لايم، كما يستخدم سيفوتريكس لعلاج المرضى الذين يعانون من تلوث الدم، يستخدم
سيفوتريكس للوقاية من العدوى التي قد تحدث بعد العمليات الجراحية، خاصة في الحالات التي تكون فيها الجراحة ملوثة أو معرضة للتلوث، مثل جراحات القلب والأوعية الدموية، وإجراءات المسالك البولية، وجراحات القولون والمستقيم.