تستخدم حقن اموكسيل لمعالجة الالتهابات والعدوى التي تسببها البكتيريا في انحاء مختلفة من الجسم، كما يمكن استخدامه بالاشتراك مع أدوية أخرى لعلاج قرحة المعدة، يقضي البنسلين الموجود فى
اموكسيل على البكتيريا عن طريق ربط حلقة بيتا لاكتام الموجودة فيه بإنزيم الترانسببتيداز، الذي يلعب دورا أساسيا في بناء جدار الخلية البكتيرية، مما يمنع تكوين هذا الجدار. وبدون جدار الخلية، تصبح الخلايا البكتيرية عرضة للماء الخارجي والضغوط الجزيئية، مما يؤدي إلى موتها.