ايزو-بروتوكول يستخدم لعلاج مشكلات المعدة المختلفة المرتبطة بزيادة افراز الحمض حيث يساعد على تقليل حموضة المعدة وتهدئة
الالتهاب وتخفيف الالم والحموضة المزعجة ويستعمل في علاج قرحة المعدة وقرحة الاثني عشر الناتجة عن مضادات الالتهاب غير
الستيرويديةد ويساهم في الوقاية من تكون القرحة لدى المرضى المعرضين لها.
يساعد ايزو-بروتوكول ايضا في علاج التهاب المريء والارتجاع المريئي كما يستخدم ضمن بروتوكولات القضاء على جرثومة المعدة
ويعطى أحيانا لعلاج متلازمة زولينجر-اليسون التي تتسبب في فرط افراز حمض المعدة ويستخدم الدواء تحت اشراف طبي لتحديد
الجرعة ومدة العلاج المناسبة لضمان فعالية العلاج وتقليل المضاعفات.