لينكونوكيوريستخدم في علاج طيف واسع من الالتهابات البكتيريه التي تصيب الجهاز التنفسي مثل التهاب اللوزتين والتهاب الحنجرة وبعض التهابات الشعب الهوائية كما يفيد في علاج الجروح الملوثه والخراجات والالتهابات الجلديه القيحيه ويساهم في السيطرة على حالات تسمم الدم الناتجة عن العدوى البكتيرية عند الالتزام بالجرعات الموصوفة.
يدخل لينكونوكيور ضمن علاج بعض الحالات الاكثر تعقيدا مثل الزحار الخنازيري والالتهاب الرئوي الناتج عن الانزيوت او الميكوبلازما ويستخدم كجزء من الخطة العلاجية لالتهاب المفاصل الانتاني وخراجات القدم حيث يعمل على القضاء على البكتيريا المسببه للعدوى والحد من انتشارها مما يساعد على تحسن الحالة الصحية وتسريع عملية الشفاء.