ازاثيوبرين يستخدم لتثبيط عمل الجهاز المناعي في حالات امراض المناعة الذاتية حيث يقلل من نشاط خلايا المناعة التي تهاجم انسجة الجسم كما يستعمل للوقاية من رفض الاعضاء المزروعة بعد عمليات الزرع مثل الكبد او الكلى ويساهم في تقليل الالتهابات المزمنة في حالات مثل الذئبة الحمراء والتهاب المفاصل الروماتويدي والتهاب الامعاء المزمن.
يساعد الدواء في تقليل شدة الاعراض المصاحبة للامراض المناعية مثل التورم والالم والاحمرار حيث يعمل على تهدئة رد فعل الجسم المفرط ضد انسجته ويستخدم عادة تحت اشراف الطبيب مع متابعة دورية لوظائف الكبد وعدد خلايا الدم لضمان فاعلية العلاج وسلامته لما يحتويه ازاثيوبرين من مادة فعالة تؤثر على الجهاز المناعي مباشرة.
يعد ازاثيوبرين من الادوية التي تحتاج الى التزام دقيق بالجرعات المحددة اذ يعمل بشكل تدريجي لتحسين الحالة وتقليل الاعراض كما يساعد في منع تفاقم الامراض المزمنة ويجب تجنب ايقافه المفاجئ دون استشارة الطبيب لضمان استقرار الحالة الصحية وهو من العلاجات الاساسية في التحكم بامراض المناعة الذاتية طويلة الامد.