يستخدم كلوروكوين لعلاج الملاريا حيث يعمل على قتل الطفيليات المسببة لهذا المرض داخل خلايا الدم الحمراء، يستعمل في بعض الأحيان لعلاج أو الوقاية من أمراض أخرى مثل التهاب المفاصل الروماتويدي المزمن والذئبة الحمراء بفضل خصائصه المضادة للالتهابات، من المهم استخدام دواء
كلوروكوين تحت اشراف طبي لضمان فعاليته وتجنب الأعراض الجانبية المحتملة.