يستخدم اينتيروكوين في علاج الدوسنتاريا الاميبية والعصية وفي علاج قرحة المعدة كما يمكنة علاج العديد من امراض المعدة ويمكن استخدامه في حالات معينة حسب وصفة الطبيب كما يقوم هذا اينتيروكوين بتدمير الاميبا وقتل الطفيليات المعوية بطريقة بسيطة وسهلة ولعلاج الامراض التي تسببها البروتوزا وغالبا ما تستخدم لعلاج الامراض المعوية التي تسمى داء الاميبات.